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Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

 Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro , et al.
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391279v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

 A. Vellozo , Stefano Colella , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro , et al.
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391519v1
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GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins

 Patrick Durand , Laurent Labarre , Alain Meil , Jean-Louis Divo1 , Yves Vandenbrouck , et al.
BMC Bioinformatics, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩
Article dans une revue hal-00784481v1
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Reconstruction of switching thresholds in piecewise-affine models of genetic regulatory networks

 Samuel Drulhe , Giancarlo Ferrari-Trecate , Hidde de Jong , Alain Viari
Hybrid Systems: Computation and Control, HSCC 2006, Mar 2006, Santa Barbara, CA, USA, pp.184 - 199, ⟨10.1007/11730637⟩
Communication dans un congrès inria-00001225v1
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Reconstruction of switching thresholds in piecewise-affine models of genetic regulatory networks

 Samuel Drulhe , Hidde de Jong , Giancarlo Ferrari-Trecate
[Technical Report] RT-0322, INRIA. 2006, pp.25
Rapport inria-00081608v2

Comparative genomic analysis of three strains of Ehrlichia ruminantium reveals an active process of genome size plasticity

 R. Frutos , Alain Viari , C. Ferraz , Anne Morgat , S. Eychenie , et al.
Journal of Bacteriology, 2006, 188, pp.2533-2542. ⟨10.1128/JB.188.7.2533-2542.2006⟩
Article dans une revue hal-00113068v1
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Perfect Sorting by Reversals

 Marie-France Sagot , Eric Tannier
RR-5540, INRIA. 2005, pp.13
Rapport inria-00070466v1
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Qualitative Simulation and Related Approaches for the Analysis of Dynamical Systems

 Hidde De jong
RR-5128, INRIA. 2004
Rapport inria-00071455v1

Gene finding in eukaryotes

 C. Mathé , Thomas Schiex , Pierre Rouzé , Philippe Blayo , Marie-France Sagot
Lu Q., Weiner M. Cloning and expression technologies, Eaton Publishing, pp.27-43, 2002
Chapitre d'ouvrage hal-00620804v1

Transcriptomique

 Jean-François Boulicaut , Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay , et al.
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391255v1
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New developments in the InterPro database

 Nicola J Mulder , Rolf Apweiler , Teresa K Attwood , Amos Bairoch , Alex Bateman , et al.
Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Database issue), pp.D224-D228. ⟨10.1093/nar/gkl841⟩
Article dans une revue hal-00434830v2

Comparing and classifying one-dimensional spatial patterns: an application to laser altimeter profiles

 S. Ollier , D. Chessel , Pierre Couteron , R. Pelissier , J. Thioulouse
Remote Sensing of Environment, 2003, 85 (4), pp.453-462. ⟨10.1016/S0034-4257(03)00038-5⟩
Article dans une revue istex hal-02308908v1
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Novel tree edit operations for RNA secondary structure comparison

 Julien Allali , Marie-France Sagot
Workshop on Algorithms in Bioinformatics 2004, 2004, Bergen, Denmark. pp.412--425, ⟨10.1007/978-3-540-30219-3_35⟩
Communication dans un congrès hal-00306661v1

Qualitative simulation of the carbon starvation response in Escherichia coli.

 Delphine Ropers , Hidde de Jong , Michel Page , Dominique Schneider , Johannes Geiselmann
BioSystems, 2006, 84 (2), pp.124-52. ⟨10.1016/j.biosystems.2005.10.005⟩
Article dans une revue istex hal-00171698v1

Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?

 Yvan Rahbé , H. Charles , J. Vinuelas , N. Reymond , Federica Calevro , et al.
Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391505v1
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Développement d'une approche markovienne pour l'analyse de l'organisation spatiale des génomes.

 Christelle Melo de Lima
Modélisation et simulation. Université Claude Bernard - Lyon I, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00011674v1
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Experiment Selection for the Discrimination of Semi-Quantitative Models of Dynamical Systems

 Ivayla Vatcheva , Olivier Bernard , Hidde de Jong , Nicolaas Mars
RR-4940, INRIA. 2003
Rapport inria-00071639v1
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Représentation des interactions protéine/protéine dans la cadre d'une méthode de modélisation de réseaux géniques

 Grégory Batt
RR-4382, INRIA. 2002
Rapport inria-00072206v1
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Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes

 Claire Lemaitre , Eric Tannier , Christian Gautier , Marie-France Sagot
[Research Report] RR-6533, INRIA. 2008, pp.26
Rapport inria-00278553v2

An efficient procedure for purification of the obligate intracellular Wolbachia pipientis and representative amplification of its genome by multiple displacement amplification

 Patrick Mavingui , Van Tran Van , Estelle Labeyrie , Edwige Rancès , Fabrice Vavre , et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2005, 71, pp.6910-6917
Article dans une revue hal-00023397v1

ProteHome: A national web portal for the proteomics community

 S. Bournais , Ludovic Legrand , Myriam Ferro , D. Bouyssié , Emmanuelle Com , et al.
Spétrométrie de Masse et Analyse Protéomique-SMAP, Sep 2009, Dijon, France. 1 p., 2009
Poster de conférence hal-02824757v1

Effect of movement frequency on global host-parasitoid spatial dynamics with unstable local dynamics

 Tri Nguyen Huu , Christophe Lett , Jean-Christophe Poggiale , Pierre Auger
Ecological Modelling, 2006, xx
Article dans une revue hal-00087863v1

Spatial synchrony in host-parasitoid models using aggregation of variables

 Tri Nguyen Huu , Christophe Lett , Pierre Auger , Jean-Christophe Poggiale
Mathematical Biosciences, 2006, xx
Article dans une revue hal-00087861v1

Enumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network

 L. Cottret , P.V. Milreu , Vicente Acuna , A. Marchetti-Spaccamela , F. Viduani Martinez , et al.
WABI 2008 - 8th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.233-244
Communication dans un congrès hal-00391292v1

La post-génomique ou les mystères de la cellule

 François Rechenmann , Isabelle Quinkal
Interstices, 2004
Article dans une revue inria-00000934v1

Multiscale modeling of alternative splicing regulation

 Damien Eveillard , Delphine Ropers , Hidde de Jong , Christiane Branlant , Alexander Bockmayr
International Workshop on Computational Methods in Systems Biology - CMSB'03, 2003, Rovereto, Italie, pp.75-87
Communication dans un congrès inria-00099792v1
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A Multiple Graph Layers Model with Application to RNA Secondary Structures Comparison

 Julien Allali , Marie-France Sagot
String Processing and Information Retrieval 2005 (SPIRE 2005), Nov 2005, Buenos Aires, Argentina. pp.348--359, ⟨10.1007/11575832_39⟩
Communication dans un congrès hal-00306660v1

Lossless Filter for Finding Long Multiple Approximate Repetitions Using a New Data Structure, the Bi-factor Array

 Pierre Peterlongo , Nadia Pisanti , Frederique Boyer , Marie-France Sagot
String Processing and Information Retrieval, 12th International Conference, SPIRE 2005, Nov 2005, Buenos Aires, Argentina. pp.179-190, ⟨10.1007/11575832⟩
Communication dans un congrès inria-00328129v1

Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

 Julien Allali , Yves d'Aubenton-Carafa , Cedric Chauve , Alain Denise , Christine Drevet , et al.
JOBIM'08, 2008, Lille, France. pp.67-68
Communication dans un congrès hal-00375710v1
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Validation de modèles qualitatifs de réseaux de régulation génique: une méthode basée sur des techniques de vérification formelle

 Grégory Batt
Modélisation et simulation. Université Joseph-Fourier - Grenoble I, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00012040v1
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