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Modules for Prolog Revisited

 Rémy Haemmerlé , Francois Fages
[Research Report] RR-5869, INRIA. 2006, pp.17
Rapport inria-00070157v1

A Geometric Constraint over k-Dimensional Objects and Shapes Subject to Business Rules

 Nicolas Beldiceanu , Mats Carlsson , Julien Martin
14th International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (CP'08), 2008, Australia. pp.220-234, ⟨10.1007/978-3-540-85958-1_15⟩
Communication dans un congrès hal-00481539v1
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Competing G protein-coupled receptor kinases balance G protein and β-arrestin signaling.

 Domitille Heitzler , Guillaume Durand , Nathalie Gallay , Aurélien Rizk , Seungkirl Ahn , et al.
Molecular Systems Biology, 2012, 8, pp.1-17. ⟨10.1038/msb.2012.22⟩
Article dans une revue hal-00776169v1
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Invariants and Other Structural Properties of Biochemical Models as a Constraint Satisfaction Problem

 Sylvain Soliman
Algorithms for Molecular Biology, 2012, 7 (1), pp.15. ⟨10.1186/1748-7188-7-15⟩
Article dans une revue hal-00784404v1

SBGN support in BIOCHAM

 Dragana Jovanovska , Francois Fages , Sylvain Soliman
Nature Precedings, 2010, ⟨10.1038/npre.2010.5189⟩
Article dans une revue hal-02308513v1
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Reifying Global Constraints

 Francois Fages , Sylvain Soliman
[Research Report] RR-8084, INRIA. 2012, pp.18
Rapport hal-00737768v1
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Generic Traces and Constraints, GenTra4CP revisited

 Pierre Deransart
2011
Pré-publication, Document de travail hal-00597033v1
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Conception de traces et applications (vers une méta-théorie des traces).

 Pierre Deransart
2009
Autre publication scientifique inria-00443648v2
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Approches de programmation par contraintes pour l'analyse des propriétés structurelles des réseaux de Petri et application aux réseaux biochimiques

 Faten Nabli
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2013. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00924445v1
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Subtyping constraints in quasi-lattices

 Emmanuel Coquery , Francois Fages
[Research Report] RR-4926, INRIA. 2003
Rapport inria-00071653v1
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Conception de traces, et applications, vers une méta-théorie des traces (Towards a Meta-Thoery of traces)

 Pierre Deransart
2009
Pré-publication, Document de travail inria-00370211v1
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Towards a Generic Framework to Generate Explanatory Traces of Constraint Solving and Rule-Based Reasoning

 Pierre Deransart , Rafael Oliveira
[Research Report] RR-7165, INRIA. 2009, pp.53
Rapport inria-00443635v1

On Coupling Models Using Model-Checking: Effects of Irinotecan Injections on the Mammalian Cell Cycle

 Elisabetta de Maria , Francois Fages , Sylvain Soliman
CMSB 2009: Computational Methods in Systems Biology, Aug 2009, Bologna, Italy. pp.142-157, ⟨10.1007/978-3-642-03845-7_10⟩
Communication dans un congrès hal-02308529v1

Inferring Reaction Models from ODEs

 Francois Fages , Steven Gay , Sylvain Soliman
CMSB 2012: Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.370-373, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_23⟩
Communication dans un congrès hal-02308508v1
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A Machine Learning approach to Biochemical Reaction Rules Discovery

 Laurence Calzone , Nathalie Chabrier-Rivier , Francois Fages , Sylvain Soliman
Proceedings of Foundations of Systems Biology and Engineering {FOSBE'05}, 2005, Santa Barbara, pp.375--379
Communication dans un congrès inria-00000812v1
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Types for Web Rule Languages: a preliminary study

 Horatiu Cirstea , Emmanuel Coquery , Wlodzimierz Drabent , Francois Fages , Claude Kirchner , et al.
[Contract] A04-R-560 || cirstea04e, Inria. 2004, 33 p
Rapport inria-00099859v1

Integrating Rule-Based Modelling and Constraint Programming for Solving Industrial Packing Problems

 Aggoun Abder , Nicolas Beldiceanu , Mats Carlsson , Francois Fages
ERCIM News, 2010, 81
Article dans une revue hal-00915805v1
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Closures are Needed for Closed Module Systems

 Rémy Haemmerlé , Francois Fages
[Research Report] RR-5575, INRIA. 2005, pp.19
Rapport inria-00070431v1
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Vers une exo-mémoire personnelle supportée par un seul fichier texte

 Pierre Deransart
2010
Pré-publication, Document de travail inria-00515437v1
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Un système de types pour CHR

 Emmanuel Coquery , Francois Fages
Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, pp.189-198
Communication dans un congrès inria-00000074v1
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Diversity and Plasticity of Th Cell Types Predicted from Regulatory Network Modelling.

 Aurélien Naldi , Jorge Carneiro , Claudine Chaouiya , Denis Thieffry
PLoS Computational Biology, 2010, 6 (9), pp.e1000912. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000912⟩
Article dans une revue inserm-00704876v1

On Solving Mixed Shapes Packing Problems by Continuous Optimization with the CMA Evolution Strategy

 Thierry Martinez , Lumadaiara Vitorino , François Fages , Abderrahmane Aggoun
BRICS-CCI 2013 - First BRICS countries congress on Computational Intelligence, Sep 2013, Recife, Brazil
Communication dans un congrès hal-00934917v1

Towards a systems biology approach of-G protein-coupled receptor signalling: challenges and expectations.

 Domitille Heitzler , Pascale Crépieux , Anne Poupon , Frédérique Clément , Francois Fages , et al.
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.947-57. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.002⟩
Article dans une revue inria-00461545v1
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A Constraint Solving Approach to Tropical Equilibration and Model Reduction

 Sylvain Soliman , François Fages , Ovidiu Radulescu
WCB - ninth Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics, colocated with CP 2013, Sep 2013, Uppsala, Sweden. pp.27--36
Communication dans un congrès hal-00906419v1

A Boolean Model for Enumerating Minimal Siphons and Traps in Petri Nets

 Faten Nabli , Francois Fages , Thierry Martinez , Sylvain Soliman
CP 2012: Principles and Practice of Constraint Programming, Oct 2012, Québec, Canada. pp.798-814, ⟨10.1007/978-3-642-33558-7_57⟩
Communication dans un congrès hal-02308495v1
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Composition and abstraction of logical regulatory modules: application to multicellular systems

 Nuno D Mendes , Frédéric Lang , Yves-Stan Le Cornec , Radu Mateescu , Grégory Batt , et al.
Bioinformatics, 2013, 29 (6), pp.749-757. ⟨10.1093/bioinformatics/btt033⟩
Article dans une revue hal-00785564v1
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Une sémantique observationnelle du modèle des boîtes pour la résolution de programmes logiques

 Pierre Deransart , Mireille Ducassé , Gérard Ferrand
Troisièmes Journées Francophones de Programmationpar Contraintes (JFPC07), INRIA Rocquencourt, Jun 2007, Rocquencourt / France, France
Communication dans un congrès inria-00151138v1

Stochastic simulation of enzymatic reactions under transcriptional feedback regulation

 Jean-Baptiste Lugagne , Diego A. Oyarzún , Guy-Bart Stan
European Control Conference (ECC), Jul 2013, Zurich, Switzerland. pp.3646-3651
Communication dans un congrès hal-00935727v1

La programmation par contraintes

 Sylvain Soliman , Francois Fages
Interstices, 2004
Article dans une revue inria-00000571v1
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Solving Subgraph Epimorphism Problems using CLP and SAT

 Steven Gay , François Fages , Francesco Santini , Sylvain Soliman
WCB - ninth Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics, colocated with CP 2013 (2013), Sep 2013, Uppsala, Sweden. pp.67--74
Communication dans un congrès hal-00908973v1
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