Qu'elle apparaisse comme une pré-chimie ou comme un ésotérisme, l'alchimie n'a pas la réputation de constituer un savoir rationnel. Elle était pourtant considérée au XVIIe siècle comme une philosophie de la nature, associée à une pratique de laboratoire, que des hommes comme F. Bacon ou M. Mersenne, Leibniz, Spinoza ou Newton étudiaient avec attention, dont ils lisaient les textes et dont ils vérifiaient les expériences. Entre l'aristotélisme finissant de la scolastique et un mécanisme à la recherche de sa légitimité, elle se présentait comme la « science normale » en chimie, mais aussi comme une pensée encyclopédique déployant ses analyses dans les divers domaines où se manifestent la curiosité et les intérêts des hommes. La traduction et le commentaire d'un texte écrit en 1653 par P.- J. Fabre, médecin et alchimiste, font apparaître dans leur cohérence les multiples aspects d'une pensée qui ne paraît déroutante que par l'ignorance entretenue des concepts fonda¬mentaux qui organisent ses développements. Au delà des images, des symboles et des mythes, dont l'alchimie veut être le discours interprétatif, se découvre une théorie de la matière qui se nourrit des concepts de la physique stoïcienne. Les multiples apports des alchimies grecques, arabes et latines s'ordonnent ainsi dans le cadre d'une pensée rationnelle qui ne s'aperçoit pas encore que la réalité naturelle, dont elle croit être l'expression privilégiée, peut aussi lui échapper.